アーマードコア6の2周目で追加される要素や、ミッションの分岐、各チャプターの変化内容などについて記載しています。
二周目について
2周目では下記の要素が追加されます。
- 新規ミッションの追加
- 一部のミッション内容が変化（ALT MISSION）
- アリーナに新規カテゴリ「ANALYSIS」が追加
これに伴い新規パーツや追加のOST CHIP等が入手可能です。
ミッションの分岐
1周目でプレイ済みのミッションも、内容が変化する場合があります。
選択肢が発生するALT MISSIONは展開が変わるだけでなく、その後の派生ミッションの出現にも影響します。
具体的にはチャプター1のALT MISSION「多重ダム襲撃」が分岐点になり、取引に応じることで解放戦線側のルートに突入します。
エンディング分岐
エンディングの分岐は1周目と変わりません。
2周目で到達できるエンディングは1周目と同様で、「レイヴンの火」と「ルビコンの解放者」の2種類のみです。（多重ダム襲撃の取引でどちらの選択肢を選んでも、エンディングには影響しません）
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各チャプターの追加要素と変化内容
Chapter1
多重ダム襲撃（ALT MISSION）
ミッションの途中でルビコン解放戦線から暗号通信が入り、取引を持ち掛けられます。
内容は「ベイラムを裏切り解放戦線側に付き、レッドガン2名を排除しろ。報酬は2倍にする」というもの。
「取引に応じる」を選択すると解放戦線から友軍識別タグが交付され、ミッション目標が「G4 ヴォルタ / G5 イグアスを撃破する」に変更されます。
「取引に応じない」を選択した場合、ミッション目標は変化しません。1周目と同様の展開になります。
バトルログ
取引に応じ、G4ヴォルタとG5イグアスを撃破するとバトルログ（黄×1）を獲得。
捕虜救出（新規・派生MISSION）
多重ダム救出から派生するミッションです。当該任務でベイラムを裏切り解放戦線側に付くと、「戦闘ログ回収」の代わりに出現します。
ヘリを護衛しつつA・B・C地点の3か所で捕虜を収容後、レッドガン部隊のAC「G2 ナイル」とベイラムMT部隊を撃破するとクリア。
バトルログ
ミッション開始地点の左奥（最初の道路の分岐を左へ進んだ先）にいる4脚MTを倒すとバトルログ（青×1）を獲得。
G2ナイル撃破でバトルログ（白×1）を獲得。
アリーナにインテグレーション・プログラム 第1フェーズ追加
Chapter1の最終ミッション（ウォッチポイント襲撃）をクリアすると、アリーナの新規カテゴリ「ANALYSIS」が解放されます。
インテグレーション・プログラムの第1フェーズでは、下記のエネミーが追加されます。
| フェーズ | エネミー名 | OST CHIP数 |
| α-1 | 統合対象：51-001 K AC // マインドα | 8 |
| α-2 | 解析対象：51-011 AL AC // トレーナー | 8 |
| α-3 | 解析対象：51-012 AL AC // テスター | 8 |
Chapter2
機密情報漏洩阻止（新規・派生MISSION）
Chapter1の多重ダム救出で取引に応じると「ドーザー他派勢力排除」の代わりに出現するミッションです。
時間内にハッキングドローン5機を破壊し、その後G5イグアスと所属不明機体を撃破するとクリア。
バトルログ
開始地点の一つ下の階層、奥の通路の四脚MTを倒すとバトルログ（青×1）を獲得。
開始地点の扉を開けてすぐ右前方にみえる溶鉱炉の配管内部（稼働していない方）に侵入し、最下層の隠し部屋にいる小型の敵3機を倒すとバトルログ（赤×3）を獲得。
【SHOP追加】RaDの新パーツ解放
2周目のChapter2最終ミッション「海越え」をクリアすると、ショップで下記のパーツを購入できるようになります。
| 部位 | パーツ名 | 備考 |
| R/L-ARM UNIT | WS-5000 APERITIF | 発射後ワンテンポ置いてから飛んでいく包囲型ハンドミサイル |
| R/L-BACK UNIT | WR-0999 DELIVERY BOY | 推進しながら絨毯爆撃を行うクラスターミサイル |
| WS-5001 SOUP | 10連ミサイルを3段まで連続発射できる散布型ミサイル | |
| HEAD | HS-5000 APPETIZER | |
| CORE | CS-5000 MAIN DISH | |
| ARMS | AS-5000 SALAD | |
| LEGS | 2S-5000 DESSERT | |
| BOOSTER | BC-0200 GRIDWALKER |
Chapter3
新型機体鹵獲阻止（新規MISSION）
2周目以降に必ず追加される選択ミッションです。
惑星封鎖機構の新型HC（MAP左側）と、LC2機（MAP右側）を撃破すればミッション完了になります。バトルログは無し。
アリーナにインテグレーション・プログラム 第2フェーズ追加
燃料基地爆撃、ヴェスパー7排除、坑道破壊工作 or 新型機体鹵獲阻止を全てクリアすると、アリーナに新たなサンプルが追加されます。
対象は下記の3機。
| フェーズ | エネミー名 | OST CHIP数 |
| β-1 | 統合対象：51-002K AC // マインドβ | 10 |
| β-2 | 解析対象：51-013 BE AC // 企業 | 10 |
| β-3 | 解析対象：51-014 BE AC // ルビコニアン | 10 |
多重ダム防衛（新規MISSION）
2周目以降に必ず追加されるミッション。ルビコン解放戦線からの依頼です。
アリーナ上位ランカーの独立傭兵キング＆シャルトルーズの2名と、途中で乱入してくるレイヴンを撃破すればクリアになります。
バトルログ
キング / シャルトルーズの2機撃破でバトルログ（白×2）を獲得。
【SHOP追加】企業の新パーツ解放
2周目のChapter3をクリアすると、ショップに下記のパーツが追加されます。
| 部位 | パーツ名 | 備考 |
| R/L-ARM UNIT | VP-66EG | スタンガン |
| L-ARM UNIT | Vvc-774LS | ラスティ愛用のレーザースライサー（双刃ブレード） |
| R/L-BACK UNIT | VE-60LCA | 3門斉射のレーザーキャノン チャージで威力上昇 |
| KRANICH/60Z | 高威力、長射程のパルスキャノン | |
| BO-044 HUXLEY | 自機に追従する実弾オービット | |
| GENERATOR | VE-20B | EN射撃武器適性特化のジェネレーター |
アリーナにインテグレーション・プログラム 第3フェーズ追加
2周目のChapter3をクリアすると、アリーナに下記のサンプルが追加されます。
| フェーズ | エネミー名 | OST CHIP数 |
| γ-1 | 統合対象：51-003K AC // マインドγ | 15 |
| γ-2 | 解析対象：51-015 GA AC // 技研 | 15 |
| γ-3 | 解析対象：51-016 GA AC // ナイトフォール | 15 |
γ-3をクリアすると、HEADパーツ「HC-2000/BC SHADE EYE」が手に入ります。（γ-3だけでなく第3フェーズ全てクリアが条件？）
Chapter4
地中探査 – 深度2（ALT MISSION）
2周目以降のChapter1「多重ダム襲撃」で解放戦線側に付いていると、熱交換室でイグアスの代わりに独立傭兵コールドコール（ACデッドスレッド）が出現します。
熱交換室では機体の残骸を調べると「画像データ：STVの画稿（5）」を入手できます。
バトルログ
独立傭兵コールドコールを倒すと、バトルログ（白×1）を獲得。
未踏破領域探査（ALT MISSION）
降下地点の残骸を調べると「通信記録：師叔への報告」を入手可能です。
2周目以降はV.IVラスティとの戦闘中に、解放戦線のミドル・フラットウェルが乱入してくるようになります。
バトルログ
ミドル・フラットウェルを倒すと、バトルログ（黄×1）を獲得。
Chapter5
チャプター5に追加要素や変更点はありません。エンディングの分岐は3周目で追加されます。
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